除了足、篮球等国际主流比赛项目外，还有两大类项目：第一类，以武术、围棋、赛马等为代表的中国传统体育项目，旨在弘扬文化自信；第二类，以无线电收发报、航空模型、航海模型、飞机跳伞为代表的国防军事体育类比赛项目，旨在倡导全体国民时刻警惕战争风险，锻炼身体保家卫国。这一比赛设项风格一直持续到1979年四运会之前。
1979年名古屋决议恢复中国在奥运会中的合法席位， 我国重返奥林匹克舞台。所以，从1979年四运会开始，全运会比赛设项和竞技规则开始根据奥运会进行大调整。这点在1987年六运会上最为突出，一举增设了大量奥运比赛项目，并随时根据奥运会新增项目而增设全运会比赛项目，同时删掉了大量非奥运项目。经过异常激烈的大辩论，最终武术作为唯一非奥项目得以在全运会保留。为突出奥运战略，奥运会项目和非奥运会项目在全运会施行不同的计分方法。
在2013年十二运会之前，全运会不仅拥有全部夏季奥运会的比赛项目，而且还设置了冬奥会的比赛项目。从2013年十二运会开始，体育总局决定全运会不再设冬季项目， 冬运会彻底 “自立门户”，做大自身IP，第十二届冬运会成绩则直接带入该届全运会。
由于全运会竞争太过激烈，频频出现金牌内定、使用兴奋剂、行贿受贿、裁判舞弊等各类争议。2009年山东十一运会期间，时任国家体育总局副局长肖天因为被问及奖牌内定的话题情绪异常激动、当众爆粗口，舆论一片哗然。此后，政协委员联名提交取消全运会的提案，全运会兴利除弊已势在必行。
2014年巡视组在巡视体育总局时对全运会改革给出“金牌至上的政绩观扭曲了体育精神”的明确意见，2015年1月，体育总局宣布全运会取消金牌榜、奖牌榜和总积分榜排名，努力改善全运会不正当政绩观，转而为全运会增设群众体育赛事，鼓励普通群众参加全运会，肖天此后落马。从2017年天津十三运会开始，全运会不再设置成绩排名榜单，转而增加了柔力球、 广场舞等19个群众体育项目。
在积分统计方面，全运会也经历了多次变革，同样也是为了备战奥运。如前文所言，在重返奥运会后，我国全运会的奥运项目和非奥运项目就开始分别计分。
