不过，从2001年九运会开始，南方体育开始崛起，这背后则是南方地区改革开放的经济红利彻底爆发。在体育投入力度激增的情况下，南方省份的体育人才开始大规模涌现，不少北方的体育好苗子从小就南下在南方省市注册。江苏、广东、浙江、上海开始崛起成为全运会金牌大户。
正是因为全运会呈现出我国各省市政治、经济、体育、文化等综合实力，所以全运会从诞生之日起就规格颇高，并且一直都要与时俱进，坚持规则创新改革。回首往昔，全运会在举办制度、比赛设项、计分方式、年份设置、参赛选手注册等多方面均经历了一系列变革。
在举办制度方面，全运会历经指定举办到自主申办的制度变革。
如前文所言，全运会因为耗资巨大，所以最初比赛是国家指定城市举办。虽然国家财政予以一定的拨款，但主要的经费由承办的省市自筹，所以最初全运会是国家指定首都举办，在十年困难期一度停办全运会。1983年在上海举办的五运会是全运会首次离开首都，此后则扩大到北上广这三地轮流举办。
在广东举办1987年六运会和2001年九运会时，作为改革开放的前沿，广东率先引入市场营销模式，号称让全运会首次实现了盈利，再加之东部各省经济快速崛起，所以一些省份要求全运会不能只在北上广三地举办，于是，2001年国办发布《关于取消全国运动会由北京、上海、广东轮流举办限制的函》，全运会开始实行申办制，江苏成功申办了2005年十运会，此后东部各省开始积极申办全运会。
在比赛设项选择方面，全运会经历了多轮变革，最初侧重国防军事体育，在重返国际奥林匹克大家庭后形成了以奥运会比赛设项为指导的总体方针。如今，全运会在比赛项目方面开始注重竞技体育与群众体育并举。
我国首届全运会是在1959年建国十周年之际举办。当时的一大背景就是我国宣布退出国际奥委会，短期内不再参加奥运会等国际大赛，为提振士气，所以决定在1959年举办全国运动会。当时高层为体育题写的工作方针就是“发展体育运动，增强人民体质”，所以，当届全运会的口号也是这一题词，并且在比赛设项时非常有时代特色。
