由于全运会竞争太过激烈，频频出现金牌内定、使用兴奋剂、行贿受贿、裁判舞弊等各类争议。2009年山东十一运会期间，时任国家体育总局副局长肖天因为被问及奖牌内定的话题情绪异常激动、当众爆粗口，舆论一片哗然。此后，政协委员联名提交取消全运会的提案，全运会兴利除弊已势在必行。
2014年巡视组在巡视体育总局时对全运会改革给出“金牌至上的政绩观扭曲了体育精神”的明确意见，2015年1月，体育总局宣布全运会取消金牌榜、奖牌榜和总积分榜排名，努力改善全运会不正当政绩观，转而为全运会增设群众体育赛事，鼓励普通群众参加全运会，肖天此后落马。从2017年天津十三运会开始，全运会不再设置成绩排名榜单，转而增加了柔力球、 广场舞等19个群众体育项目。
在积分统计方面，全运会也经历了多次变革，同样也是为了备战奥运。如前文所言，在重返奥运会后，我国全运会的奥运项目和非奥运项目就开始分别计分。
众所周知，备战奥运会原则上是国家体育总局另一块牌子中国奥委会的职责，而各省体育局在竞技层面的主要任务是全运会，国家体育总局对各地体育局只拥有业务指导的权利，但没有领导权力和人事任命权，各省体育系统升迁主要取决于全运会成绩和本省领导的意见。随着上世纪90年代中期《奥运争光计划纲要》正式实施，国家体委将全运会计分办法作为了撬动各省备战奥运会的杠杆和指挥棒。其中颇有创意的有三点：
第一、奥运会成绩可以带入全运会，奥运会夺牌相应地在全运会上给运动员所属的省份也自动增加一块相应的奖牌，打破世界纪录额外增加一块。
第二、足篮排三大球的全运会金牌一块计三块金牌。由于各省为了夺金牌只肯发展举重跳水这些投资小见效快的个人项目和国际非主流运动项目，三大球却惨遭遗弃，不少省份在上世纪八十年代末和九十年代初直接砍掉了三大球队伍。国家体育总局为了鼓励发展三大球，于是推出新规，全运会三大球的冠、亚、季军分别按3块金牌、2块金牌、 1块金牌进行计分。
第三、运动员双重注册双重积分以及跨省组队跨省积分。由于早年解放军可以全国招兵，所以总是利用制度优势从地方省队手中“抢人”，地方省队之间也经常围绕选手的培养和注册分歧而大打官司。于是体育总局在全运会推出运动员双重注册积分办法，一名选手夺金后，可以为培养过他的省队以及目前效力的解放军队同时计分。
在2015年接受巡视组整改意见后，体育总局取消了金牌榜和积分榜的排名，同时鼓励多人制比赛的运动员组合跨省组队参赛。由于2021年全运会和奥运会背靠背举办，为了让各省全力支持运动员备战奥运会，今年全运会允许以奥运组合队的形式直接获得奥运参赛资格，国家队和地方队在全运会上直接PK。比如中国女篮就大比分狂胜江苏女篮夺冠，而中国女篮的队员们来自全国不同的省市。
