7月13日，距离东京奥运会开幕还有10天，据共同社报道，运动员及相关人士入住的东京晴海奥运村正式开放。随着新冠疫情的再次蔓延，日本政府向东京都发布紧急事态宣言，鉴于首都圈1都3县、北海道和福岛县场馆空场办赛的严峻形势，奥运村在罕见的宁静气氛中开放，未按惯例举行入村仪式。
为防控疫情，原则上运动员在比赛开始前5天入住奥运村，不过也会根据代表团情况灵活应对。7月7日，奥运村试开放，先期抵达的各国代表团后勤人员已入村，部分房间还从阳台上挂出国旗。
为防止疫情扩大，奥运村内对入住者实施严格检测和行动限制，隔断与外界的接触。此外还设置了发热门诊和检测站。
在奥运村，诊断疑似感染者的“发热门诊”和检测机构将24小时运作。奥组委设置的“感染症对策中心”将汇总新冠相关信息，管理阳性的认定和密切接触者的最终决定。阳性者将被迅速送往奥运村外的住宿疗养设施或医院。
奥运村共有21栋住宿楼，奥运期间将有约1.8万名运动员和官员入住。每户有数个房间，最多可入住8人。除单日最多可供餐4.5万份的主食堂外，还设有综合诊疗室、兴奋剂检测站、训练室以及餐厅等。
奥运会期间将成为国内外媒体据点的主新闻中心（MPC）也于13日正式启用。
靠近运动员比赛区域的摄影师必须每天接受检测，其他记者和媒体工作人员也根据与运动员的接触程度，需要每4或7天接受一次检测。抵日后14天禁止到比赛场馆采访观众或进行街头采访。
